Pourquoi ça plante ?#

Note

Un grand merci à Morgane Thomas-Chollier !

Panique ! Comment arrêter le programme ?#

Ctrl + C (les deux touches en même temps)

Où suis-je ?#

Problème possible#

Vous n’êtes pas au bon endroit dans l’arborescence Linux

Comment voir si c’est bien cela le problème ?#

  • Dans quel dossier êtes-vous ? Taper la commande ci-dessous

pwd

  • Dans quel dossier devriez-vus être ?

Le problème est-il résolu ?#

  • OUI : Vous n’étiez pas dans le bon dossier. Utilisez la commande cd pour vous replacer dans le bon dossier

  • NON : passer au point suivant

Exemple#

## commande qui ne marche pas
unzip SRR576933_fastqc.zip
unzip:  cannot find or open SRR576933_fastqc.zip
## Dans quel dossier êtes-vous ?
pwd
/shared/projects/training/toto/chip-seq
## Dans quel dossier devriez-vous être ?
## => dans /shared/projects/training/toto/chip-seq/02-quality
## Replacez-vous dans le bon dossier
cd 02-quality
## Relancez votre commande
unzip SRR576933_fastqc.zip

Mes fichiers sont-ils au bon endroit ?#

Problème possible Le chemin vers un des fichiers n’est pas le bon, donc le programme ne tourne pas. Comment voir si c’est bien cela le problème ? Vérifier que les fichiers sont bien à l’endroit où ils doivent être Vérifier votre commande : le chemin vers le fichier est-il correct ? Comporte-t-il des fautes de frappe ? (astuce : utilisez la touche “Tab” pour compléter les noms de fichiers, et éviter les fautes de frappes) Le problème est-il résolu ? OUI : Le chemin n’était pas correct. Retapez votre commande avec le bon chemin NON : passer au point suivant

Exemple#

## commande qui ne marche pas
unzip 02-quality/SRR576933_fastqc.zip
unzip:  cannot find or open 02-quality/SRR576933_fastqc.zip
## les fichiers sont bien à l’endroit où ils doivent être ? => oui, SRR576933_fastqc.zip est bien dans le dossier 02-quality
## Vérifier votre commande : le chemin vers le fichier est-il correct ? => non, le chemin devrait être results/02-quality/SRR576933_fastqc.zip
## Relancer votre commande avec le bon chemin
unzip results/02-quality/SRR576933_fastqc.zip

Que me dit le message d’erreur ?#

Problème possible#

Divers, il va falloir analyser le message d’erreur

Que faire ?#

Lire le message d’erreur envoyé par la commande

A- L’erreur qui s’affiche comporte les termes suivants:

“No such file or directory” ou “cannot find or open” ou “not found”

Dans ce cas, c’est sûrement un problème de positionnement dans l’arborescence ou de chemin de fichier. Reprendre les points 1 et 2.

B. L’erreur qui s’affiche est spécifique au programme.

Dans ce cas, regarder la documentation du programme : avez-vous utilisé les bonnes options ? Les formats de fichiers sont-ils corrects ? Est-ce le bon fichier qui est spécifié dans les options ?

Exemple#

## commande qui ne marche pas
samtools idxstats SRR576938.sam
samtools idxstats: fail to load index for "SRR576938.sam"
## regarder la documentation du programme 
samtools idxstats
Usage: samtools idxstats <in.bam>
## Le manuel m’informe que le fichier doit être au format BAM
## =>le fichier SRR576938.sam est au format SAM. Ce n’est donc pas le bon format.

Important

Demandez de l’aide à ce stade si vous ne parvenez pas à résoudre le problème seul