Arborescence de fichiers#

L’arborescence du système de fichier#

  • Le système de fichier peut être vu comme un arbre dont les feuilles sont des dossiers et fichiers. On peut se déplacer dans cet arbre en suivant les branches.

  • L’arbre ci-dessous est ancré par sa racine, le dossier /

  • En suivant les branches, nous observons que le dossier / contient notamment

    • un dossier shared

      • qui lui même contient un dossier bank

      • qui lui même contient un dossier homo_sapiens

  • Chemin du dossier homo_sapiens

    • /shared/bank/homo_sapiens

Faire référence à un dossier ou fichier ?#

Notre objectif est de nous rendre dans le dossier homo_sapiens Nous utiliserons les commandes pwd (print work directory) et cd (change directory) et nous aurons alors deux choix :

  1. En spécifiant un chemin depuis la racine.

    • On parle de chemin absolu

cd /shared/bank/homo_sapiens
pwd

/shared/bank/homo_sapiens
?2004h

  1. En spécifiant un chemin depuis le répertoire courant.

    • Le répertoire courant est celui dans lequel l’utilisateur se trouve à un instant t.

    • Le chemin sera relatif au répertoire courant.

# Depuis homo_sapiens on peut aller dans hg19 puis star
cd hg19/star-2.7.5a
pwd
# ou cd ./hg19/star-2.7.5a
# Avec “.” pour signifie “le répertoire 
# courant”.

/shared/bank/homo_sapiens/hg19/star-2.7.5a


# le répertoire précédent
cd .. 
pwd

/shared/bank/homo_sapiens/hg19

cd ./star-2.7.5a
pwd

/shared/bank/homo_sapiens/hg19/star-2.7.5a

Il existe également une commande permettant de voir cette architecture de dossiers et fichiers. Plaçons nous dans le dossier homo_sapiens

cd /shared/bank/homo_sapiens

# -d : List directories only
tree -d

.
├── GRCh37
│   ├── bowtie2
│   ├── bwa
│   ├── fasta
│   ├── gff
│   ├── picard
│   ├── snpeff
│   ├── star -> star-2.7.2b
│   ├── star-2.6
│   ├── star-2.7.2b
│   └── star-2.7.5a
├── GRCh38
│   ├── bwa
│   ├── fasta
│   ├── gff3
│   ├── gnomad
│   │   ├── 2.1
│   │   │   ├── exomes
│   │   │   └── genomes
│   │   └── 3.0
│   │       └── genomes
│   ├── gtf
│   ├── star -> star-2.6.1a
│   ├── star-2.6.1a
│   ├── star-2.7.5a
│   └── trinity
│       ├── __chkpts
│       └── ref_genome.fa.star.idx
├── GRCh38.p14
│   ├── Ensembl_110
│   │   ├── fasta
│   │   ├── gff3
│   │   ├── gtf
│   │   └── indexes
│   │       ├── bowtie2-2.5.1
│   │       ├── star-2.7.10b
│   │       └── star-2.7.11a
│   ├── latest_ensembl -> Ensembl_110
│   ├── latest_refseq -> RefSeq_2023_10
│   └── RefSeq_2023_10
│       ├── fasta
│       ├── gff
│       ├── gtf
│       └── indexes
├── hg19
│   ├── bowtie
│   ├── bowtie2
│   ├── bwa
│   ├── fasta
│   ├── gtf
│   ├── hisat2
│   ├── picard
│   ├── snpeff
│   │   └── hg19
│   ├── star-2.6
│   ├── star-2.7.2b
│   └── star-2.7.5a
├── hg38
│   ├── bmtool
│   ├── bowtie2
│   ├── fasta
│   ├── hisat2
│   ├── srprism
│   ├── star-2.6
│   ├── star-2.7.2b
│   └── star-2.7.5a
└── latest_genome -> GRCh38.p14

67 directories

Dans ce cas, nous affichons l’ensemble des dossiers en vert ci-dessous ainsi que l’ensemble des sous-dossiers qu’ils contiennent

Autocompletion#

Si vous voulez briller en société ou en famille en donnant l’impression de taper vite, utilisez l’auto-complétion

  • De manière plus générale c’est essentiel pour taper un chemin sans se tromper.

  • E.g. Aller dans le répertoire

    • /usr/local/bin

Vous n’avez pas fini d’entendre <TAB><TAB>

gifTab

L’arborescence: Demo#

On utilise ci-dessous la commande pwd (print working directory) et la commande cd (change directory). *

# On se déplace dans le dossier star
cd /shared/bank/homo_sapiens/hg38/star-2.7.5a/

# On imprime le chemin vers le répertoire courant
pwd

/shared/bank/homo_sapiens/hg38/star-2.7.5a

# On remonte d'un répertoire (hg38)
cd ..
pwd

/shared/bank/homo_sapiens/hg38

# On se déplace dans le dossier bank
cd ../..
pwd

/shared/bank

# On se retrouve 1 cran plus haut puis projects
cd ../projects

# Aller dans uniprot_swissprot
# cd ../b<TAB>/u<TAB><TAB><TAB>p<TAB><TAB>_<TAB>
cd ../bank/uniprot_swissprot

pwd

/shared/bank/uniprot_swissprot

Utilisez la complétion pour les noms les noms de fichier (touche ) et éventuellement les noms de commandes

L’arborescence quelques astuces#

Si vous êtes l’utilisateur cnorris. Le dossier qui stocke vos documents est par défaut /shared/home/cnorris *

  • ie. ‘dossier utilisateur’ ou dossier home.

  • Il est symbolisé par ~ (tilde).

  • AltGr + 2 (PC) ou Alt + n + espace (OSX)

* Remplacez cnorris par votre login

# votre login
whoami

pfrancois

# On est à la racine
cd /

# /
pwd

/

# On retourne dans le home
cd ~

# Equivalent de cd ~
cd