Le cluster de l’IFB#

Un session entière sera consacrée au cluster de l’IFB. Ici, il ne s’agit que d’une introduction pour s’y connecter.

A propos du serveur: Un contrôleur (controler) et des ouvriers (workers)#

Le cluster de calcul#

  • Regroupement de machines

    • Machines: “noeuds/node”

  • Gestion transparente pour les utilisateurs

  • Connexion depuis le monde entier

    • Nécessité de se connecter à distance

  • Accès partagé

    • De nombreux utilisateurs

    • Nécessité d’adopter des règles.

      • Gestion des ressources de calcul

      • Gestion des ressources de stockage

L’architecture d’un cluster de calcul#

Info: le serveur IFB-core-cluster#

La connexion ssh vers le cluster#

ssh (secure shell)

  • Protocole sécurisé

    • les informations passant sur le réseau sont protégées (chiffrées)

  • Plusieurs outils pour la connexion

    • Via une application réseau comme MobaXterm

      • Windows

      • Permet l’accès à un terminal

    • Via un terminal

      • Linux ou MacOSX

      • Windows 10 (WSL2, Windows subsystem for linux 2)

    • Via une application web

      • JupyterHub

Se connecter depuis Windows avec MobaXterm (1)#

_images/mobaXterm.png

  1. Session : ssh

  2. Remote host : core.cluster.france-bioinformatique.fr

  3. Username : Indiquez votre login

  4. Pressez OK

_images/mobaXterm2.png

Se connecter depuis Mac OSX ou Linux#

MacOSX#

  • Finder > Applications > Utilities > Terminal

  • Tapez la commande ci-dessous

Linux#

  • La localisation du terminal varie selon les bureaux (Faites-vous aider si vous ne trouvez pas).

  • Utilisez la commande ci-dessous

# Connection en ssh au serveur IFB 
# Remplacez [login] par votre compte utilisateur
# Tapez votre mot de passe
ssh -Y [login]@core.cluster.france-bioinformatique.fr

Remarques

  • Le caractère # indique un commentaire, qui sera ignoré par le shell.

  • Le $ (en rose) représente l’invite de commande, qui varie selon les configurations.

  • La commande à taper dans votre terminal commence juste après l’invite de commande: ssh …

  • L’argument -Y permet d’ouvrir des fenêtres graphiques à distance (e.g. éditeurs)

Se connecter depuis un navigateur web !#

Et oui, nous pouvons utiliser les ressources du cluster directement dans notre navigateur préféré. Nous en parlerons dans la section suivante avec JupyterHub.

Réserver des ressources#

  • Un programme disponible, le contrôleur (SLURM), permet de réserver des ressources (ie. des processeurs sur des noeuds).

    • Vous verrez dans une autre session comment faire des réservations en ligne de commande avec SLURM.

  • Avec Jupyter, la demande de réservation des ressources est gérée pour nous lors de la connexion.

    • Quand vous quittez Jupyter les ressources sont libérées