Charger l’environnement logiciel#
Les administrateurs du cluster ont effectué les installations via le gestionnaire de logiciels Conda.
Permet l’installation facile des programmes et de leurs dépendances.
Le dépôt Bioconda met à disposition de nombreux outils bioinformatiques.
La commande module va charger l’environnement Conda dans votre session
# Afficher la liste des environnements disponibles
module avail -l | head
- Package/Alias -----------------------.- Versions --------.- Last mod. -------
/shared/software/modulefiles:
abricate/1.0.1 2022/02/08 10:31:47
abyss/2.2.1 2020/12/10 11:20:09
admixture/1.3.0 2020/12/10 11:20:09
adxv/1.9.14 2020/12/10 11:20:09
agat/0.8.0 2022/01/10 18:23:45
agat/0.8.1 2022/01/20 12:16:24
agat/0.9.0 2022/04/19 11:21:30
agat/0.9.2 2022/08/02 11:34:24
?2004h
# Charger fastqc dans votre environnement
# La version est facultative
module load blast/2.12.0
# On peut aussi décharger
module unload blast/2.12.0