Formation IFB science ouverte & PGD
Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins impliqués dans des projets d’analyse bioinformatique de jeux de données omiques et souhaitant mettre en œuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) tout au long du déroulement du projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.
A la fin de cette formation, les participants connaîtront et pourront mettre en œuvre les principes de la science ouverte pour gérer leurs jeux de données dans un projet :
Outil | Fonction | Site | Commentaire |
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Opidor | Rédaction et partage de PGD | https://dmp.opidor.fr | Recommandations : (1) Le faire quelques jours avant le démarrage du cours : il se peut que la validation du compte ne soit pas immédiate et (2) Utiliser une « identification institutionnelle » plutôt qu’une identification par nom et mot de passe. |
OSF | Création d’un espace partagé pour gérer les documents /fichiers d’un projet | https://osf.io/ | Il est recommandé d’utiliser son ORCID si on en a un. Lors du renseignement du profil, bien veiller à choisir le lieu de stockage comme étant Frankfurt / Allemagne |
ENA | Ressource européenne pour l’archivage des données de séquences (nous travaillerons sur l’instance de test) | https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/accountInfo | A la fin de la procédure, vous devez recevoir un nom d’utilisateur du type ‘Webin-xxx’ |
Docker est un outil de gestion de containers (utilisation comme solution de secours pour le TP de la session 3 métadonnées).
docker run hello-world
. Si le retour est : Hello from Docker!
C’est que l’installation est correcte ;docker pull tdenecker/omicsbroker
. Une fois le téléchargement terminé, vous êtes prêt pour le TP.5 modules de 3 heures en distanciel synchrone de 9h00 à 12h00. L’outil utilisé pour cette formation est Zoom. Il est important de vérifier avant les sessions que :
Des travaux ponctuels seront à effectuer entre les modules.
Module | Séquences | Date | Formateurs |
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Les données de la Recherche et leur centralité dans le processus de recherche | 15-03-2021 09:00 | ||
La vie des données pendant le projet : Principe et outils pour organiser, nommer, versionner, stocker, archiver, mes données | 16-03-2021 09:00 | ||
Les Métadonnées : les standards du domaine des données omiques en biologie et séances pratiques d’annotations de jeux de données | 17-03-2021 09:00 | ||
Partager et diffuser les données. Le cadre juridique, les entrepôts et les licences sur les données | 18-03-2021 09:00 | ||
Le PGD : suite et fin. | 19-03-2021 09:00 |
Ce nuage de mots a été construit automatiquement à partir du contenu de toutes les séquences.