L’Institut Français de Bioinformatique
En tant qu’infrastructure nationale de services, l’IFB a pour mission d’offrir aux communautés des sciences de la vie et de la bioinformatique, du monde académique et privé, un accès aux ressources vitales à leur recherche, un accompagnement de projets reposant sur un fort niveau d’expertise, et la possibilité de participer à des projets ambitieux au niveau national et international. Les services offerts peuvent être groupés en 5 catégories: les données, les outils, la formation, l’appui aux projets de recherche en biologie et la mise à disposition d’une infrastructure informatique dédiée aux sciences de la vie. Afin de maintenir la recherche française au plus haut niveau de compétitivité et de performance dans l’analyse bioinformatique, l’IFB anticipe les futurs besoins du domaine et participe aux innovations méthodologiques, en particulier pour répondre aux challenges de la bioinformatique intégrative.
Couverture nationale
L’IFB inclut également une plateforme coordinatrice, IFB-core, situé au Genoscope, qui assure la coordination des actions de la feuille de route, gère la mutualisation des moyens financiers, et représente l’infrastructure aux niveaux national et international. L’IFB fédère 31 plateformes de bioinformatique affiliées aux principaux organismes de recherche français: 21 plateformes membres et une dizaine de plateformes associées . Grâce à cette couverture de l’ensemble du territoire, l’IFB structure une communauté bioinformatique nationale en mutualisant les ressources techniques et humaines et en disséminant les savoirs-faire.
IFB formation
La formation est un défi majeur pour alimenter les biologistes avec les capacités actuelles indispensables à l’utilisation des outils bioinformatiques dans l’analyse de leurs données, et pour permettre aux bioinformaticiens d’améliorer leurs compétences et suivre l’évolution du domaine.
L’IFB-core et les plateformes travaillent ensemble pour fournir aux utilisateurs de l’IFB (biologistes, biomédicaux, bioinformaticiens) une offre de formation prenant en compte la large diversité des besoins et des attentes :
- Diversité des compétences en informatiques (pas d’expérience de la ligne de commande, usage occasionnel, familier, programme un peu) ;
- Cours spécifiques sur les nouvelles technologies ou sur les applications biologiques (e.g. NGS, longs reads, métabolomique…) compétences méthodologiques génériques (statistiques, bonnes pratiques de programmation…) ; usage avancé des technologies IT (HPC, virtualisation, informatique dans le cloud, interopérabilité, pratiques FAIR, bioinformatique intégrative…)
- Bonnes pratiques de formation (approches pédagogiques, réutilisation du matériel…).
A cette fin, l’IFB développe une infrastructure technique parfaitement intégrée pour supporter la formation, dépendant des composantes suivants :
- Un réseau de formateurs identifiés dans le catalogue des ressources (A1.4) ;
- Des évènements de formation aux formats variés (court et moyen terme) ;
- Divers media et ressources de formation (matériel de formation statique, vidéos, MOOCs…) ;
- Divers environnements de formation : serveurs web, applications stand-alone pourvues d’interfaces conviviales, lignes de commande, packages spécifiques (e.g. R pour les statistiques), machines virtuelles, carnets de note Jupyter, conteneurs avec logiciel de formation (e.g. conteneur de formation Galaxy) ;
- Une infrastructure puissante et flexible permettant des formations pratiques reposant parfois sur des capacité de stockage et de calcul importantes (e.g. analyse NGS, bioinformatique structurale…) ; des mécanismes de retour d’information (enquêtes de satisfaction, questionnaires à la fin de chaque formation et 6-12 mois plus tard pour évaluer l’impact de la formation sur la pratique professionnelle) ;
L’impact et la qualité de la formation IFB seront systématiquement surveillés et évalués de manière à adapter régulièrement les programmes de formation aux attentes des utilisateurs et à l’évolution du domaine (cfr. WP5, “Implémentation du système de gestion de la qualité”).
Pour en savoir plus, vous pouvoez vous rendre sur le site de l’IFB.