Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatique

Comment rendre un projet bioinformatique plus reproductible

Programme et slides

Jour 1

Créneaux Titre Intervenants Slides
9h30 - 10h00 Accueil café
10h00 - 10h30 Tour de table, présentation de la formation. Hélène Chiapello & Jacques van Helden Lien
10h30-11h30 Introduction à la reproductibilité Claire Toffano-Nioche Lien
11h30-12h00 Encapsulation (docker) Céline Hernandez Lien
12h00-12h30 TP1 Céline Hernandez & Thomas Denecker Lien
12h30-13h00 TP2 Céline Hernandez & Thomas Denecker Lien
Fichier BAM
Fichier SAM
13h00-14h00 Repas
14h00-14h30 Workflows (snakemake) Claire Toffano-Nioche Lien
Ficher yml
14h30-15h00 TP1 Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker Lien
15h00-15h30 TP2 Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker Lien
Tous les scripts yml
15h30-16h00 Pause
16h00-16h30 Présentation de l’infrastructure IFB (cluster/slurm) Julien Seiler & Gildas Le Corguillé Lien
16h30-17h00 TP1 - Snakemake over Slurm Julien Seiler & Gildas Le Corguillé Lien
17h00-17h30 TP2 - Docker 2 Singularity Julien Seiler & Gildas Le Corguillé Lien

Jour 2

Créneaux Titre Intervenants Slides
09h00-09h30 Gestion de l’historique Claire Toffano-Nioche Lien
09h30-10h00 TP1 Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker Lien
10h00-10h30 TP2 Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker Lien
10h30-11h00 Pause
11h00-11h30 TP3 Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker Lien
11h30-12h00 Gestion des environnements logiciels Claire Toffano-Nioche Lien
12h00-12h30 TP1 Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker Lien
12h30-14h00 Repas
14h00-14h30 Traçabilité avec les Notebooks Céline Hernandez Lien
14h30-15h30 TP Markdown Céline Hernandez & Thomas Denecker Lien
15h30-16h00 Pause
16h00-17h00 Partage et diffusion Thomas Denecker & Céline Hernandez Lien
17h00-17h30 Conclusion Thomas Denecker & Céline Hernandez Lien

Jour 3

Créneaux Titre
09h00-10h00 Bilan des évaluations des participants et discussions sur les points d'amélioration.
10h00-12h00 Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices)
12h00-13h00 Pause déjeuner
13h00-15h00 Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices)
15h00-16h00 Restitution et conclusion

L'ensemble des slides est disponibles au format .tex sur ici.

Informations sur la session

La formation a eu lieu du lundi 31 août 2020 - 10:00 (accueil café à 9:30) au mercredi 2 septembre 2020 - 16:00

Organisateurs

Localisation

Institut des Systèmes Complexes
113 rue Nationale 75013
Paris

Métros : Olympiades (L14) ou Nationale (L6)

Station Vélib : place Nationale.

Galerie


Matériels des participants

Outils collaboratif pour le md : HackMD. Merci Clémence et Diane !