Programme et slides
Jour 1
| Créneaux | Titre | Intervenants | Slides |
|---|---|---|---|
| 9h30 - 10h00 | Accueil café | ||
| 10h00 - 10h30 | Tour de table, présentation de la formation. | Hélène Chiapello & Jacques van Helden | Lien |
| 10h30-11h30 | Introduction à la reproductibilité | Claire Toffano-Nioche | Lien |
| 11h30-12h00 | Encapsulation (docker) | Céline Hernandez | Lien |
| 12h00-12h30 | TP1 | Céline Hernandez & Thomas Denecker | Lien |
| 12h30-13h00 | TP2 | Céline Hernandez & Thomas Denecker | Lien Fichier BAM Fichier SAM |
| 13h00-14h00 | Repas | ||
| 14h00-14h30 | Workflows (snakemake) | Claire Toffano-Nioche | Lien Ficher yml |
| 14h30-15h00 | TP1 | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | Lien |
| 15h00-15h30 | TP2 | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | Lien Tous les scripts yml |
| 15h30-16h00 | Pause | ||
| 16h00-16h30 | Présentation de l’infrastructure IFB (cluster/slurm) | Julien Seiler & Gildas Le Corguillé | Lien |
| 16h30-17h00 | TP1 - Snakemake over Slurm | Julien Seiler & Gildas Le Corguillé | Lien |
| 17h00-17h30 | TP2 - Docker 2 Singularity | Julien Seiler & Gildas Le Corguillé | Lien |
Jour 2
| Créneaux | Titre | Intervenants | Slides |
|---|---|---|---|
| 09h00-09h30 | Gestion de l’historique | Claire Toffano-Nioche | Lien |
| 09h30-10h00 | TP1 | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | Lien |
| 10h00-10h30 | TP2 | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | Lien |
| 10h30-11h00 | Pause | ||
| 11h00-11h30 | TP3 | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | Lien |
| 11h30-12h00 | Gestion des environnements logiciels | Claire Toffano-Nioche | Lien |
| 12h00-12h30 | TP1 | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | Lien |
| 12h30-14h00 | Repas | ||
| 14h00-14h30 | Traçabilité avec les Notebooks | Céline Hernandez | Lien |
| 14h30-15h30 | TP Markdown | Céline Hernandez & Thomas Denecker | Lien |
| 15h30-16h00 | Pause | ||
| 16h00-17h00 | Partage et diffusion | Thomas Denecker & Céline Hernandez | Lien |
| 17h00-17h30 | Conclusion | Thomas Denecker & Céline Hernandez | Lien |
Jour 3
| Créneaux | Titre |
|---|---|
| 09h00-10h00 | Bilan des évaluations des participants et discussions sur les points d'amélioration. |
| 10h00-12h00 | Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices) |
| 12h00-13h00 | Pause déjeuner |
| 13h00-15h00 | Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices) |
| 15h00-16h00 | Restitution et conclusion |
L'ensemble des slides est disponibles au format .tex sur ici.
Informations sur la session
La formation a eu lieu du lundi 31 août 2020 - 10:00 (accueil café à 9:30) au mercredi 2 septembre 2020 - 16:00
Organisateurs
- IFB : Hélène Chiapello, Gildas Le Corguillé, Yoursra Mahmah, Julien Seiler, Jacques van Helden
- I2BC : Thomas Denecker, Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche
Localisation
Institut des Systèmes Complexes
113 rue Nationale 75013
Paris
Métros : Olympiades (L14) ou Nationale (L6)
Station Vélib : place Nationale.
Galerie
Matériels des participants
Outils collaboratif pour le md : HackMD. Merci Clémence et Diane !
- Git / GitHub par Alexandra & Clothilde : html md
- Docker par Diane & Clémence : html md
- Conda par Thomas & Krisley :