Programme et slides
Jour 1
| Créneaux | Titre | Intervenants | Slides | |
|---|---|---|---|---|
| 9h30 - 10h00 | Accueil café | |||
| 10h00 - 10h30 | Présentation de la formation et tour de table | Hélène Chiapello | Lien | |
| 10h30-11h30 | Introduction à la reproductibilité | Claire Toffano-Nioche | Lien | |
| 11h30-12h00 | Sauvegarde du code (git, GitHub) | Claire Toffano-Nioche | Lien | |
| 12h00-13h00 | TP1.1 - Git | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | ||
| 13h00-14h00 | Repas | |||
| 14h00-14h30 | TP1.2 - GitHub | Céline Hernandez & Thomas Denecker | ||
| 14h30-15h30 | Contrôler son environnement de développement (Docker + Conda) | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche | Lien | |
| 15h30-16h00 | TP2 - Conda | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | ||
| 16h00-16h30 | Pause | |||
| 16h30-17h00 | TP3.1 - Usage d'une image Docker | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | Lien | |
| 17h00-17h30 | TP3.2 - Adapter son image | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | ||
| 17h30-18h00 | TP3.3 - Exporter son image | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker |
Jour 2
| Créneaux | Titre | Intervenants | Slides |
|---|---|---|---|
| 09h00-09h30 | Gestion de pipelines (snakemake) | Claire Toffano-Nioche | Cours + TP |
| 09h30-10h30 | TP 4 - Ecriture d’un workflow Snakemake | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | TP Bonus |
| 10h30-11h00 | Pause | ||
| 11h00-12h00 | Traçabilité et partage (notebook) | Céline Hernandez | Lien |
| 12h00-13h00 | TP 5 - Markdown | Céline Hernandez & Thomas Denecker | TP R Rmd Shiny |
| 13h00-14h00 | Repas | ||
| 14h00-14h30 | Les usages sur un cluster HPC (IFB Core Cluster) : Conda, Singularity | Gildas Le Corguillé & Julien Seiler | |
| 14h30-15h30 | TP 6 - Déploiement d’un workflow sur l’IFB Core Cluster | Gildas Le Corguillé & Julien Seiler | |
| 15h30-16h00 | Pause | ||
| 16h00-17h00 | Exposer son projet | Thomas Denecker & Céline Hernandez | Lien |
| 17h00-17h30 | Conclusion | Thomas Denecker & Céline Hernandez | Lien |
Jour 3
| Créneaux | Titre | Lien |
|---|---|---|
| 09h00-10h00 | Bilan des évaluations des participants et discussions sur les points d'amélioration. | |
| 10h00-12h00 | Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices) | Lien use_case_1 use_case_2a use_case_2b use_case_3 |
| 12h00-13h00 | Pause déjeuner | |
| 13h00-15h00 | Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices) | bilan_formation_FAIR CheatSheet_FAIR_bioinfo Fiche_outil_git |
| 15h00-16h00 | Restitution et conclusion |
Informations sur la session
La formation aura lieu du lundi 28 juin 2021 - 10:00 (accueil café à 9:30) au mercredi 30 juin 2021 - 16:00
Organisateurs
- IFB : Hélène Chiapello, Thomas Denecker, Gildas Le Corguillé, Yoursra Mahmah, Julien Seiler
- I2BC : Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche
Localisation
Institut des Systèmes Complexes
113 rue Nationale 75013
Paris
Métros : Olympiades (L14) ou Nationale (L6)
Station Vélib : place Nationale.
Galerie
Matériels des participants
A venir