Chapter 8 Visualisation des données

8.1 Histogrammes

8.1.1 Avec R de base

Histogramme des valeurs d’expression pour l’échantillon WT1

hist(exprs$WT1)

Histogramme du logarithme de ces valeurs

hist(log(exprs$WT1))

hist(log10(exprs$WT1))

hist(log2(exprs$WT1))

8.1.2 Avec ggplot2

library(ggplot2)
ggplot(exprs, aes(x=WT1)) + geom_histogram()

## `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.

8.2 Boîtes à moustaches (boxplots)

8.2.1 Avec R de base

Boite à moustache des valeurs d’expression pour l’échantillon WT1

boxplot(exprs$WT1)

Boite à moustache du logarithme de ces valeurs

boxplot(log(exprs$WT1))

boxplot(log2(exprs$WT1))

boxplot(log10(exprs$WT1))

Boite à moustache des valeurs d’expression pour les 4 échantillons

boxplot(exprs)

## ignorer la première colonne
boxplot(exprs[,-1])     

boxplot(log2(exprs[,-1]))

boxplot(exprs[,-1], log = "y")

## afficher les étiquettes des axes horizontalement
boxplot(exprs[,-1], log = "y", las = 1) 

## Encore plus beau
boxplot(exprs[,-1], log = "x", las = 1, horizontal = TRUE) 

8.3 Nuage de points

Expressions KO1 vs WT1

plot(x = log(exprs$WT1), y = log(exprs$KO1))

Personnalisation des paramètres graphiques

plot(x = log(exprs$WT1),                ## données pour l’abscisse
     y = log(exprs$KO1),                    ## données pour l’ordonnée
     main = "Expression KO1 vs WT1",    ## Titre principal
     xlab = "WT1",                      ## légende de l’axe X
     ylab = "KO1",                      ## légende de l’axe Y
     pch = 16,                          ## caractère pour marquer les points
     las = 1,                           ## écrire les échelles horizontalement
     col = "red")                       ## couleur des points
grid()                              ## ajout d’une grille
abline(a = 0, b = 1)                        ## ajouter la droite X = Y (intercept a = 0, pente b = 1).