Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Du 25-05-2021 au 28-05-2021 en distanciel
Web site
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Supports de cours
Visualisation en R
Lien vers les scripts que nous avons écrits pendant la journée R : Lien vers dossier compressé
Lien vers les tutoriels au format R Markdown : Lien vers dossier compressé. Pour générer une version locale du tutoriel, ouvrez le sur Rstudio, installez les packages manquants et cliquez sur “knit”.
FAIR
| Cours |
Intervenants |
Supports |
| Sciences ouvertes et principes FAIR |
Thomas Denecker |
pdf |
ChIP-seq
| Cours |
Intervenants |
Supports |
| ChIPseq Workshop (Rendu HTML) |
Elodie Darbo, Stéphanie Le Gras |
html |
| ChIPseq Workshop (Rmarkdown) |
Elodie Darbo, Stéphanie Le Gras |
Rmd |
| Diaporama |
Elodie Darbo, Stéphanie Le Gras |
Google doc |
RNA-seq
| Fichier |
Intervenant |
Lien |
| Script Rmarkdown vide |
Hugo Varet |
Rmd |
| Script Rmarkdown complet |
Hugo Varet |
Rmd |
| Rendu HTML |
Hugo Varet |
HTML |
| Données |
Hugo Varet |
ZIP |
DNAseq
| Fichier |
Intervenant |
Supports |
| Introduction et rappel |
Nadia Bessoltane |
[Slides] |
| Analyse des variants post-VCF : Jeux de données #1 |
Nadia Bessoltane |
[Rmd] [html] |
| Analyse des variants post-VCF : Jeux de données #2 |
Nadia Bessoltane |
[Rmd] [html] |
| Copy Number Alterations |
Bastien Job |
[pdf] [pptx] |
| Single Cell (on request) |
Bastien Job |
[pdf] |
Intégration de données
| Fichier |
Intervenant |
Supports |
| Comparaison outils |
Laura Cantini |
[Slides] |
| Présentation Mix* |
Jérôme Mariette |
[Slides] |
| MixOmics |
Jérôme Mariette |
[R 1] [R 2] |
| MixKernel |
Jérôme Mariette |
[Slides] [Rmd] |