Nous aurons besoin des packages gggenes et trackViewer :

• Vérifier que les packages gggenes et trackViewer sont bien installés
• Si non, les installer, puis les charger

Attention ! Vous trouverez gggenes sur le CRAN et trackViewer sur Bioconductor !

library(gggenes)
library(trackViewer)

1. Installer le package : install.packages("gggenes")
2. Charger le package : library(gggenes)
3. Consulter l’aide : ?gggenes
4. Consulter la vignette : vignette("introduction-to-gggenes", package = "gggenes")

head(example_genes)
#>   molecule gene  start    end  strand orientation
#> 1  Genome5 genA 405113 407035 forward          -1
#> 2  Genome5 genB 407035 407916 forward          -1
#> 3  Genome5 genC 407927 408394 forward          -1
#> 4  Genome5 genD 408387 408737 reverse          -1
#> 5  Genome5 genE 408751 409830 forward           1
#> 6  Genome5 genF 409836 410315 forward          -1

ggplot(example_genes,
       aes(xmin = start,
           xmax = end,
           y = molecule,
           fill = gene)) +
  geom_gene_arrow() +
  facet_wrap( ~ molecule, 
              scales = "free", 
              ncol = 1) +
  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
  theme_genes()

1. Installer le package : BiocManager::install("trackViewer")
2. Charger le package : library(trackViewer)
3. Consulter l’aide : ?trackViewer
4. Consulter la-les vignette-s : browseVignettes("trackViewer")
5. Faire attention aux mises à jour !

Pour les besoins de l’exemple, j’ai sauvegardé des données de méthylation dans le package du cours. On peut les charger comme ceci :

data("methy", package = "tidyViz")
data("features", package = "tidyViz")
data("gr", package = "tidyViz")

lolliplot(methy, features, ranges=gr)

dandelion.plot(methy, features, ranges=gr)