EBAII

Supports de cours de l'Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit"

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Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm (EBAII)

Description

Formations

EBAII propose plusieurs formations différentes.

Elles sont basées sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques.

Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.

Le tutorat n’a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

Langue: Les cours seront prodigués uniquement en Français.

Public visé: Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes, ou cherchent à les consolider (en fonction du niveau de la formation).

Frais d’inscription: 1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels. L’hébergement et la restauration sont inclus. Les frais de transport demeurent à la charge des participants. 

Formation “traitement des données de variants, ChIP-Seq, bulk RNA-Seq, et single-cell RNA-Seq”

Cette formation propose pour l’instant deux niveaux (débutant, et initié).

Niveau débutant

Objectifs: L’école s’articulera autour de quatre ateliers thématiques en session parallèle (single-cell RNA-Seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq). L’école inclura également une introduction aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats.

Durée: Du dimanche, 18h, au vendredi, 14h.

Environnement de travail: L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R.

Prérequis: Aucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.

Prochaines dates: 5 au 10 novembre 2023.

Site de demande d’inscription: Pas encore ouvert.

Niveau intermédiaire

Objectifs: L’école s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et abordera la visualisation et l’intégration des données. 

Environnement de travail: L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R. 

Prérequis: Les candidats doivent avoir acquis les compétences enseignées durant l’école de niveau débutant: un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) RNA-seq, ChIP-seq ou variants DNA-seq.

Prochaines dates: 5 au 9 juin 2023.

Site de demande d’inscription: https://sondages.inrae.fr/index.php/327339?lang=fr

Formation “assemblage et annotation de génomes procaryotes et eucaryotes”

Il n’y a pour l’instant qu’un seul niveau.

Objectifs: L’école s’articulera autour des différentes étapes qui mèneront à l’obtention d’un génome annoté à partir de données “long reads” et “hybride”: contrôle qualité des données, assemblage, scaffolding, polishing, annotation structurale et fonctionnelle (en session parallèle pour les procaryotes et les eucaryotes). 

L’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats.

Durée: Du lundi, 9h, au vendredi, 14h.

Environnement de travail: L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de Galaxy. 

Prérequis: Aucune connaissance préalable n’est requise.

Prochaines dates: Non déterminé.

Site de demande d’inscription: Pas encore ouvert.

Contacts

Matériel pédagogique

2022

2021

2020

Sessions précédentes

Voir le site de l’IFB

Liens