Vincent Guillemot
- Biostatisticien
- Intégration de données
- Machine Learning
- Cours de statistiques et de R
Mardi 25 mai 2021
Je me présente
Quiz de bienvenue
Voir le lien et le code sur le chat !
Au programme
Plutôt le matin
- Quiz de bienvenue
dplyr: pour manipuler des donnéesggplot2: pour les graphiques de base- retour sur les couleurs dans R
ggpubrpour combiner des graphes
Plutôt l’après-midi
pheatmap: pour les cartes de chaleur et la classification hiérarchique- Diagrammes de Venn et UpSet plots
gggenestrackViewer::lolliplot- Quiz de fin
Déroulement du cours
Pour favoriser l’interactivité de ce cours en distanciel, voici ce que je vous propose :
- Deux quiz (Kahoot, cf. programme)
- Des exercices réguliers
- Les étudiant·e·s sont sollicités régulièrement
- Tutoriels interactifs pour s’entraîner “à la maison”
Des données simples… pour moi
Composition de produits alimentaires (https://ciqual.anses.fr/)
Ressources
- Les feuilles de triche (EN) de
- La page STDHA sur les couleurs (FR)
- La page de ggpubr (EN)
- La vignette de gggenes (EN)
- La vignette de trackViewer (EN)
- R pour les débutants d’Emmanuel Paradis (FR)
moRe !
- Livre R for Data Science : https://r4ds.had.co.nz/
- Livre R Cookbook : https://rc2e.com/
- Livre Modern Data Science with R : https://mdsr-book.github.io/mdsr2e/
- Livre Computational Genomics with R : https://compgenomr.github.io/book/
- Livre ggplot2: elegant graphics for data analysis : https://ggplot2-book.org/index.html
- Site de référence ggplot2 : https://ggplot2.tidyverse.org/reference/
- Extensions ggplot2 : https://exts.ggplot2.tidyverse.org/gallery/
- A ggplot2 Tutorial for Beautiful Plotting in R : https://www.cedricscherer.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r/
- Package R patchwork : https://github.com/thomasp85/patchwork
- Livre Circular Visualization in R : https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/
- Livre ComplexHeatmap : https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/
- Palettes de couleurs : https://github.com/EmilHvitfeldt/r-color-palettes
RNA-Seq
- Chaine YouTube StatQuest
- Site DoItYourself Transcriptomics : https://diytranscriptomics.com/
- Site RNA-Seqlopedia : https://rnaseq.uoregon.edu/