Supports de cours de l'Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit"
Du 03-06-2024 au 07-06-2024 à la Station biologique de Roscoff
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Tous les TPs se feront sur UseGalaxy.fr. Chaque participant doit se connecter à son compte personnel (à créer avant la formation).
Pour bénéficier des ressources de calcul réservées pour cette formation, chaque participant doit :
| Cours | Intervenants | Supports |
|---|---|---|
| Introduction | A. Cormier; E. Corre | Cours |
| Outils de séquençage | J. Kreplak | Cours |
| QC des lectures | C. Klopp | Cours |
| Validation d’assemblage (Théorie) | E. Corre; A. Cormier | Cours |
| Validation d’assemblage (TP) | A. Cormier; E. Corre | TP |
| Cours | Intervenants | Supports |
|---|---|---|
| Assemblage | C. Klopp | Cours TP |
| Polishing | J.-M. Aury | Cours |
| Scaffolding | J. Kreplak; C. Klopp; A. Cormier | Cours |
| Cours | Intervenants | Supports |
|---|---|---|
| Introduction | G. Gautreau | 1. Introduction to prokaryotic genomes annotation |
| Dataset | H. Chiapello | 2.1 Dataset Construction |
| Analyse | H. Chiapello | 2.2 Dataset Analysis |
| Déreplication | H. Chiapello | 2.3 Dataset Dereplication |
| CDS prediction | G. Gautreau | 3. Prediction of coding genes |
| Non coding gene prediction | G. Gautreau | 4. Prediction of non coding genes |
| Functional annotation (intro) | G. Gautreau | 5. Introduction to functional annotation |
| Prokka + Vizualisation | G. Gautreau | 6. and 7. Let’s play with a prokaryotic annotation tool_ Prokka |
| InterScan + EggNOG | J. Joëts | 8. Functional annotation |
| Relational annotation (intro) | G. Gautreau | 9. Introduction to relational annotation |
| Specialized databases/tools | G. Gautreau | 10. Discussion on specialized databases/tools |
| Annotation plateforms | G. Gautreau | 11. Automatic annotation plateforms |
| Conclusion | G. Gautreau | 12. Conclusion |
| Introduction to pangenomic | G. Gautreau | 13. Introduction to pangenomic |
| Cours | Intervenants | Supports |
|---|---|---|
| Repeat masking | J. Kreplak | Cours TP |
| Annotation de gènes | A. Bretaudeau | Cours TP |
| Visualisation | A. Bretaudeau | TP |
| ARN long non-codants | S. Robin | Cours TP |
| BUSCO | S. Robin | Cours TP |
| Annotation fonctionnelle | J. Joëts | Cours |
| Analyse intra- & interspécifique | J. Joëts | Cours |
| Analyse pangénomique | J. Joëts | Cours |
| Cours | Intervenants | Supports |
|---|---|---|
| Procaryote | G. Gautreau | À venir |
| Eucaryote | H. Roest Crollius | À venir |