EBAII

Supports de cours de l'Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit"

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2ième école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM (EBAII 2024)

Assemblage et annotation de novo de génomes

Du 03-06-2024 au 07-06-2024 à la Station biologique de Roscoff

Web site

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Accès à Galaxy

Tous les TPs se feront sur UseGalaxy.fr. Chaque participant doit se connecter à son compte personnel (à créer avant la formation).

Pour bénéficier des ressources de calcul réservées pour cette formation, chaque participant doit :

Supports de cours

Cours généraux

Cours Intervenants Supports
Introduction A. Cormier; E. Corre Cours
Outils de séquençage J. Kreplak Cours
QC des lectures C. Klopp Cours
Validation d’assemblage (Théorie) E. Corre; A. Cormier Cours
Validation d’assemblage (TP) A. Cormier; E. Corre TP

Assemblage

Cours Intervenants Supports
Assemblage C. Klopp Cours
TP
Polishing J.-M. Aury Cours
Scaffolding J. Kreplak; C. Klopp; A. Cormier Cours

Annotation

Annotation procaryotes

Cours Intervenants Supports
Introduction G. Gautreau 1. Introduction to prokaryotic genomes annotation
Dataset H. Chiapello 2.1 Dataset Construction
Analyse H. Chiapello 2.2 Dataset Analysis
Déreplication H. Chiapello 2.3 Dataset Dereplication
CDS prediction G. Gautreau 3. Prediction of coding genes
Non coding gene prediction G. Gautreau 4. Prediction of non coding genes
Functional annotation (intro) G. Gautreau 5. Introduction to functional annotation
Prokka + Vizualisation G. Gautreau 6. and 7. Let’s play with a prokaryotic annotation tool_ Prokka
InterScan + EggNOG J. Joëts 8. Functional annotation
Relational annotation (intro) G. Gautreau 9. Introduction to relational annotation
Specialized databases/tools G. Gautreau 10. Discussion on specialized databases/tools
Annotation plateforms G. Gautreau 11. Automatic annotation plateforms
Conclusion G. Gautreau 12. Conclusion
Introduction to pangenomic G. Gautreau 13. Introduction to pangenomic

Annotation eucaryotes

Cours Intervenants Supports
Repeat masking J. Kreplak Cours
TP
Annotation de gènes A. Bretaudeau Cours
TP
Visualisation A. Bretaudeau TP
ARN long non-codants S. Robin Cours
TP
BUSCO S. Robin Cours
TP
Annotation fonctionnelle J. Joëts Cours
Analyse intra- & interspécifique J. Joëts Cours
Analyse pangénomique J. Joëts Cours

Analyses tierces

Cours Intervenants Supports
Procaryote G. Gautreau À venir
Eucaryote H. Roest Crollius À venir