Colloque : Utilisation des IA génératives comme appui à la programmation et au scripting pour la biologie

Le 13 juin 2025, sur le campus des Grands Moulins, 75013 Paris.

Exposés du matin

Intervenant	Titre	Diaporama
Bertrand Cosson et Jacques van Helden	Introduction au colloque et aux ateliers pratiques	pdf
David Janiszek	Outils IA pour le scripting et le codage : évolution et perspectives	pdf
Guillaume Gautreau	Utilisation de grands modèles de langage génomique	pdf
Pierre Poulain	Utilisation d’IA générative dans un processus pédagogique	pdf
Nicolas Sabouret	Retour d’expérience sur l’utilisation de Github Copilot en cours de programmation	pdf
Sandrine Caburet	Adaptation pédagogique d’un pipeline RNAseq par Devin	pdf
David Janisek	Présentation de Pléïade	Démo en direct
Vincent Ranwez	Accélérer sans déraper : maîtriser son code à l’ère de l’IA	pdf

Vidéos de la matinée: https://u-paris.zoom.us/rec/share/tF6DkEUbP_dZb6HatZm7HKqIRro42aUJmeiFmM4z44m99vmvpfGOswT7GXdpealJ.XAXhPRzQT2S0DjcO?startTime=1749798828000

Ateliers pratiques de l’après-midi

Diaporama d’introduction aux deux ateliers

3-1_acces-ressources-numeriques_atelier-IA-soft-biologie.pdf

introduction aux ateliers pratiques
accès aux ressources numériques utilisés pour la pratique
présentation des deux ateliers

Atelier 1 : Scripting pour la bioanalyse

Enoncé de l’exercice (en anglais)
Jeu de données de test : profils transcriptomiques montrant des fluctuations périodiques durant le cycle cellulaire de la levure
Dialogue avec l’IA générative
R markdown pour exécuter les étapes du dialogue avec l’IA générative
Script R obtenu à la fin de la session pratique

Atelier 2 : Développement logiciel pour la biologie

https://ifb-elixirfr.github.io/IA-BioSoftware-Atelier/

Ressources numériques

Ressource	Description	URL
Programme et inscriptions	Sur Sciencesconf	https://iabioscripting.sciencesconf.org/
Site Web	Support du colloque (sur github pages)	https://ifb-elixirfr.github.io/AI-for-scripting-bioanalysis/
Plateforme numérique Pléiade	IA génératives utilisées pour les ateliers pratiques de l’après-midi	https://pleiade.mi.parisdescartes.fr/
Cluster IFB-core	Environnement OnDemand (RStudio, JupyterHub) à disposition des participants pour les ateliers pratiques	https://ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr/
Cluster IFB-core	demande de compte ou d’espaces-projets ; des comptes temporaires seront fournis pour les ateliers pratiques, ce lien est utile uniquement si vous désirez continuer à utiliser le cluster après le colloque	https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/

Organisation

Le colloque est organisé et financé par les trois organisations suivantes :

Institut Français de Bioinformatique (IFB)
Université Paris Cité (plateforme iPOP-UP et DU omiques)
Réseau métier en bioinformatique (MERIT)

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) a été fondé par les Programme d’Investissements d’Avenir subventionné par l’Agence Nationale de la Recherche (RENABI-IFB, ANR-11-INBS-0013) et par le programme France 2030 relatifs aux équipements structurants pour la recherche / EQUIPEX+ (MUDIS4LS, ANR-21-ESRE-0048).

Comité scientifique et de programmation

Bertrand Cosson (Université Paris-Cité)
Jacques van Helden (Institut Français de Bioinformatique, Aix-Marseille Université)
Vincent Lefort (réseau MERIT)
Imane Messak (Institut Français de Bioinformatique)
Thomas Denecker (Institut Français de Bioinformatique)

Encadrants

Atelier scripting pour la bioanalyse

Jacques van Helden (Institut Français de Bioinformatique, Aix-Marseille Université)
Vincent Ranwez (Institut Agro Montpellier)
Fanny Casse (Université Paris-Cité)
Gaëlle Lelandais (Université Paris-Sud)
Pierre Poulain (Université Paris-Cité)

Atelier développement logiciel

Thomas Denecker (Institut Français de Bioinformatique)
Imane Messak (Institut Français de Bioinformatique)
Baptiste Rousseau (Institut Français de Bioinformatique)

Licence

Maintained by Jacques van Helden