Les Ateliers du Cloud IFB-Biosphère : Usage Avancé et Développement d’Appliances

L’institut Français de Bioinformatique (IFB) propose différents services pour le traitement des données des sciences de la vie. Une partie de cette offre de services est basée sur un cloud académique mettant à disposition de la communauté des sciences de la vie les très nombreux logiciels et collections de données biologiques permettant d’analyser les données produites couramment par ses membres (https://www.france-bioinformatique.fr/cloud).

Actuellement, le cloud IFB comporte plus de 5 000 cœurs de calcul et 26 téraoctets (To) de mémoire. Ces ressources sont réparties entre 5 sites : GenOuest, PRABI-LBBE, BiRD, BIstrO et le nœud national IFB-core. L’infrastructure de cloud bioinformatique est distribuée entre les plateformes participantes sous la forme d’une fédération de clouds, IFB-Biosphère, fournissant des services personnalisés pour la biologie.

Nous vous proposons de venir découvrir l’offre de service cloud de l’IFB lors des deux prochaines sessions prévues pour le premier trimestre 2019 à des dates et lieux différents. Les deux premiers ateliers se tiendront sur deux plates-formes de l’IFB activement impliquées dans le cloud IFB-Biosphère.

Session de Lyon, PRABI-LBBE, 12-13 mars 2019
Session de Rennes, GenOuest, 19-20 mars 2019

Chaque atelier se tiendra sur deux jours de 9h30 à 17h30. Au cours de la première journée, vous bénéficierez d’une introduction à l’architecture du cloud IFB-Biosphère et à son utilisation courante, ainsi que de la présentation des bonnes pratiques pour une utilisation avancée. Les points abordés iront de l’installation de nouveaux outils, à l’utilisation de pipelines et workflows, et à l’intégration avancée des outils bioinformatiques pour la création d’appliances. La seconde journée (facultative) sera consacrée à l’intégration d’outils et pipelines apportés par des participants volontaires, en collaboration avec les autres participants et formateurs cloud présents.

Le comité d’organisation (IFB-core, PRABI-LBBE et GenOuest, contact)

Programme

Jour 1, Présentation de la Fédération de Clouds IFB-Biosphère

9h30 : Introduction et présentation de l’architecture de IFB-Biosphère

Principe du cloud computing et son application à la biologie
Utilisation de ressources “à la demande” et préconfigurées, les machines virtuelles
Les différents services disponibles, les appliances
Connexion avec les différentes interfaces (commande en ligne, portail web, bureau à distance)

12h30 : Déjeuner (libre)

14h00 : Présentation des bonnes pratiques d’utilisation avancée de IFB-Biosphère

Installation de nouveaux outils (conda, pip, paquets linux, modules R, …)
Utilisation des outils de pipelines et workflow standards (Nextflow, snakemake, CWL, Jupyter Notebook, …)
Intégration avancée des outils (docker, conda, ansible, slipstream, …)
Déploiement multi-VM (cluster SGE, Slurm, …)

17h30 : Fin de la journée

Jour 2, Hackathon Développement d’Appliances Cloud dans IFB-Biosphère

Travail en commun sur l’intégration de vos outils et pipelines, en collaboration avec les autres participants et formateurs cloud présents.

9h30 : Accueil, début du hackathon

Présentation des projets par leur porteur (5 minutes chacun) et constitution des groupes

12h30 : Déjeuner (libre)

17h00 : Bilan des développements

17h30 : Fin de la journée

Inscription

L’inscription est gratuite mais obligatoire. Le nombre de participants est limité à 20 par session, les inscriptions seront prises dans l’ordre des demandes.

Pas de session ouverte actuellement