ReproHackathon-2, 9-10 juillet 2018

Comparaison de programmes d’inférence phylogénétique

Introduction

Dans cette deuxième édition du reprohackathon, nous partirons de l’étude de Zhou et. al[1], dans laquelle les auteurs analysent de nombreux jeux de données phylogénomiques afin de comparer les principaux outils d’inférence phylogénétique :

• FastTree,
• IQ-Tree,
• PhyML,
• RAxML.

Les jeux de données sont divers et chacun constitué de nombreux alignements de séquences de différents gènes, concernant entre 37 et 200 taxa. Ils sont disponibles publiquement sur figshare.

Objectif

Nous tenterons de réanalyser un sous ensemble du jeux de données que nous aurons choisi, afin de retrouver la tendance qui se dégage dans la figure 2.

Pour cela nous pourrons former des groupes qui travailleront sur des sous-parties du workflow général et pourront finalement combiner leurs résulats.

Références

• [1] Zhou et al. (MBE, 2018)

Cette seconde édition des ReproHackathons est soutenue par le GDR MaDICS, le GDR BIM et par l’Institut Français de Bioinformatique.