Comment rendre un projet bioinformatique plus reproductible
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d’analyse et de développement. Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.
A la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.
La formartion s’organise en deux temps :
Linux, programmation shell, notions de R et Python
Le nombre de participants est limité à 15 personnes maximum . Il est possible d’assister uniquement aux deux premiers jours de la formation, merci de nous indiquer cette information dans le formulaire d’inscription.
Vous devrez vous munir de votre ordinateur portable avec installation préalable de docker pour pouvoir participer à la formation
Les inscriptions sont limitées à 15 participants. Pour vous inscrire, veuillez remplir le formulaire suivant avec le 21 mai 2021 : formulaire
| Créneaux | Titre | Intervenants | Slides |
|---|---|---|---|
| 9h30 - 10h00 | Accueil café | ||
| 10h00 - 10h30 | Présentation de la formation. | Hélène Chiapello & Jacques van Helden | |
| 10h30-11h30 | Introduction à la reproductibilité | Claire Toffano-Nioche | |
| 11h30-12h00 | Sauvegarde du code (git, GitHub) | Claire Toffano-Nioche | |
| 12h00-13h00 | TP1.1 - Git | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | |
| 13h00-14h00 | Repas | ||
| 14h00-14h30 | TP1.2 - GitHub | Céline Hernandez & Thomas Denecker | |
| 14h30-15h30 | Contrôler son environnement de développement (Docker + Conda) | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche | |
| 15h30-16h00 | TP2 - Conda | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | |
| 16h00-16h30 | Pause | ||
| 16h30-17h00 | TP3.1 - Usage d'une image Docker | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | |
| 17h00-17h30 | TP3.2 - Adapter son image | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | |
| 17h30-18h00 | TP3.3 - Exporter son image | Céline Hernandez & Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker |
| Créneaux | Titre | Intervenants | Slides |
|---|---|---|---|
| 09h00-09h30 | Gestion de pipelines (snakemake) | Claire Toffano-Nioche | |
| 09h30-10h30 | TP 4 - Ecriture d’un workflow Snakemake | Claire Toffano-Nioche & Thomas Denecker | |
| 10h30-11h00 | Pause | ||
| 11h00-11h30 | Les usages sur un cluster HPC (IFB Core Cluster) : Conda, Singularit | Gildas Le Corguillé & Julien Seiler | |
| 11h30-12h30 | TP 5 - Déploiement d’un workflow sur l’IFB Core Cluster | Gildas Le Corguillé & Julien Seiler | |
| 12h30-13h30 | Repas | ||
| 13h30-14h30 | Traçabilité et partage (notebook) | Céline Hernandez | |
| 14h30-15h30 | TP 6 - Markdown | Céline Hernandez & Thomas Denecker | |
| 15h30-16h00 | Pause | ||
| 16h00-17h00 | Exposer son projet | Thomas Denecker & Céline Hernandez | |
| 17h00-17h30 | Conclusion | Thomas Denecker & Céline Hernandez |
| Créneaux | Titre |
|---|---|
| 09h00-10h00 | Bilan des évaluations des participants et discussions sur les points d'amélioration. |
| 10h00-12h00 | Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices) |
| 12h00-13h00 | Pause déjeuner |
| 13h00-15h00 | Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices) |
| 15h00-16h00 | Restitution et conclusion |
La formation aura lieu du lundi 28 juin 2021 - 10:00 (accueil café à 9:30) au mercredi 30 juin 2021 - 16:00
Les déjeuners et pauses des 3 jours sont pris en charge par l’IFB. Les frais de déplacement et logement sont à la charge des participants.
Institut des Systèmes Complexes
113 rue Nationale 75013
Paris
Métros : Olympiades (L14) ou Nationale (L6)
Station Vélib : place Nationale.