Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatique
Comment rendre un projet bioinformatique plus reproductible ?
Description
Partie 1 : Du point de vue des données
À la fin de cette partie, les participants auront un aperçu des principes de la science ouverte pour gérer leurs jeux de données dans un projet :
- Les principes fondamentaux de l’Open Data en biologie et santé, y compris dans ses aspects juridiques ;
- Les bonnes pratiques et outils de gestion des données d’un projet en bioinformatique, en lien avec les ressources de l’infrastructure IFB ;
- Le PGD : séances théoriques et pratiques de construction d’un PGD sur des exemples de jeux de données omiques ;
- Le choix des métadonnées : panorama des ressources existantes pour choisir des métadonnées et mise en pratique pour annoter des jeux de données omiques en vue de la publication des données dans une banque internationale ou un dataverse institutionnel.
Pour aller plus loin : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training/index.html
Partie 2 : Du point de vue de l’analyse des données
À la fin de cette partie, les participants auront un aperçu des principes de la science reproductible lors d’une analyse de données : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.
Pour aller plus loin : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-bioinfo-training/index.html#home
Informations pratiques
Thème : outils et environnements FAIR pour la bioanalyse
Éditions :
- Édition 1 : 26 et 27 mai 2021
- Édition 2 : 6 et 7 juin 2023
Durée : 2 x 1h30